Joel-Peter Witkin, 13 Eylül 1939 da Brooklyn, New York' ta dünyaya geldi. Babası cam işiyle uğraşan koyu bir Yahudi, annesi ise kimya dalında çalışan Katolik bir İtalyan' dı. Aİlesi dini farklılıklarına daha fazla dayanamayıp, Witkin daha küçük bir çocukken boşandılar ve küçük Joe annesiyle yaşamaya başladı. Brooklyn' deki Saint Cecelia's okuluna başladı, daha sonra Grover Cleveland High School' da okul hayatı devam etti.

1998' de yazdığı "The Bone House" da Witkin, küçük bir çocukken tanık olduğu bir trafik kazasını örnek göstererek, kendisinin bu farklı bakış açısına sahip olmasını sağlayan olayı anlatır. Evinin önünde meydana gelen bu trajik kazada, küçük bir kız çocuğunun kopan kafası Witkin'in ayağının dibine kadar gelmiştir. Sanatçı ömrü boyunca o boş bakan gözleri hiç unutmadığını söyler. Aynı zamanda Weegee isimli fotografçıdan da çok etkilendiğini belirtir. 

1996 World Art Ocak sayısında çıkan bir söyleşisinde, içindeki fotograf alevini  ilk babasının yaktığını anlatır: 

"Beni bir köşeye çeker, Life, Look ve the Daily Mirror gibi dergilerdeki fotografları bana gösterir ve üzerinde konuşurdu. Tam 5 yaşındaydım ve bana böyle güzel fotograflar yapamadığından bahsederdi. Belki de o arzusu benim kanalım ile gerçekleşti, bilinmez."

1995'te "Witkin" isimli kitapta sanatçı şunları yazar : "Fotograf çekmeye 16 yaşında başladım. O yıl, Edward Steichen, benim bir fotografımı Museum of Modern Art, New York' ta sergilemek için aldı. Bu olay benim hayatımı fotografa adamama neden oldu".

Okuldan sonra, Witkin fotograf bilgisini geliştirmek için çeşitli işlere girdi. 1961' de orduya girinceye kadar bir laboratuvarda renkli fotograf baskı elemanı olarak çalıştı. Askerlikte de foto teknisyeni ve çeşitli askeri kazaları belgesel olarak çeken ve arşivleyen bir grubu yönetti. 

Askerlik görevinden sonra New York' a geri döndü ve profesyonel fotograf yaşantısına başladı. Cooper Union on the G.I. Bill den BFA, Columbia Üniversitesi'nde şiir dalında derece, New York Şehir Meclisi'nden fotografta CAPS nişanı. 1976' da Albuquerque' deki New Mexico Üniversitesi fotograf dalından mezun oldu. Takip eden ertesi yıl Ford Vakfı'ndan alınan bir  burs, 1982, 1984 ve 1986 da NEA ödülleri ve 1986 University of New Mexico'dan fotograf master derecesi.

1978 de dövme sanatçısı Cynthia Bency ile evlenen santçı bu günlerde oğulları Kirsten-Ahanu Witkin, karısının sevgilisi Barbara Gilbert ve bir bayan arkadaşları Cynthia Cook, 3 köpek, 6 at ve sayısız tavukları ile Albuquerque'de geniş bir çiftlik evinde şehir gürültüsünden uzakta sakin bir hayat yaşamaktadır. 

Çok sayıda ödül, bir çok ünlü kolleksiyoncuda fotografları, bir çok ulusal müzede kalıcı sergilerde eserleri yer almaktadır......